Giai đoạn 2000 nay, Giai đoạn đầu tiên của thế kỷ XXI đối với Trường Đại học TDTT Bắc Ninh có những sự kiện mới đáng trân trọng, đánh dấu sự trưởng thành của Nhà trường trong gần 60 năm xây dựng và phát triển.

Từ năm 2001, Trường Đại học TDTT Bắc Ninh thực hiện Nghị quyết số 40/2000 của Quốc hội khóa X và Nghị quyết Đại hội Đảng toàn quốc lần thứ VIII với mục tiêu xây dựng Nhà trường thành trung tâm đào tạo cán bộ Thể dục thể thao lớn và có chất lượng chuyên môn cao, góp phần vào sự nghiệp công nghiệp hóa, hiện đại hóa đất nước.

Trong năm 2004 và các năm tiếp theo, Nhà trường thành lập 4 khoa gồm: Giáo dục thể chất, khoa Huấn luyện thể thao, khoa Y học TDTT, khoa Quản lý TDTT và trường Phổ thông năng khiếu TDTT Olympic. Ngoài ra, nhiều vận động viên của Trường Đại học TDTT Bắc Ninh đã đạt được những tấm huy chương tại các đấu trường thể thao trong nước và quốc tế. Với các thành tích đã đạt được, năm 2004, Trường Đại học Thể dục thể thao I đã vinh dự được nhận Huấn chương độc lập Hạng Nhì; đồng thời, Bộ môn Thể dục của Trường vinh dự được nhận Huân chương Lao động Hạng nhì. Nhiều cá nhân, tập thể trong trường cũng vinh dự nhận được bằng khen, giấy khen các cấp.

Năm 2006 Bộ Giáo dục & Đào tạo tiến hành kiểm định chất lượng lần đầu tiên thí điểm trên 10 trường Đại học trên toàn quốc. Sau thành công này, một năm sau, Bộ GD & ĐT ban quyết định cho phép 22 trường Đại học khác tiến hành kiểm định chất lượng. Việc kiểm định chất lượng có ý nghĩa quan trọng trong việc nâng cao phát triển sự nghiệp đào tạo của mỗi trường, giúp các trường biết được mức độ phát triển của mình toàn diện trong các lĩnh vực: Công tác đào tạo, tổ chức, lãnh đạo, cơ sở vật chất… qua đó có hướng phát huy điểm mạnh và khắc phục những phần còn hạn chế. Đồng thời khẳng định chất lượng đào tạo của các trường. Quá trình kiểm định chất lượng được tiến hành theo 2 bước: Bước 1: Các trường dựa theo tiêu chuẩn, tiêu chí của Bộ GD & ĐT tiến hành tự đánh giá trường mình (kiểm định trong), sau khi hoàn thành tự đánh giá các trường nộp bản báo cáo lên Bộ. Bước 2: Bộ GD & ĐT tiến hành kiểm định ngoài và đưa ra kết luận. Trường Đại học TDTT Bắc Ninh được vinh dự là trường đào tạo cán bộ TDTT duy nhất trên toàn quốc được tiến hành kiểm định chất lượng trong đợt 2, tháng 1năm 2007. Tới tháng 5 năm 2009, Trường Đại học TDTT Bắc Ninh được Bộ Giáo dục và Đào tạo công nhận đạt kiểm định chất lượng ngoài cấp độ 2.

Ngày 4 tháng 2 năm 2008, Thủ tướng Chính phủ ra quyết định số 149/QĐ-TTg đổi tên Trường Đại học TDTT I thành Trường Đại học TDTT Bắc Ninh.

Với những thành tích đã đạt được, năm 2009, Trường Đại học TDTT Bắc Ninh vinh dự được trao tặng Huân chương Độc lập hạng Nhất cùng nhiều bằng khen, cờ thi đua của các cơ quan, bộ, ban, ngành, tỉnh….

Ngày 25/12/2014, Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch đã ra quyết định số 4279/QĐ-BVHTTDL ban hành Kế hoạch hành động của Ngành Văn hóa, Thể thao và Du lịch triển khai Chương trình hành động của Chính phủ thực hiện Nghị quyết Số 29/NQ-TW về đổi mới căn bản, toàn diện giáo dục và đào tạo, đáp ứng yêu cầu công nghiệp hóa, hiện đại hóa trong điều kiện kinh tế thị trường định hướng xã hội chủ nghĩa và hội nhập Quốc tế, theo đó, Trường Đại học Thể dục thể thao Bắc Ninh là 1 trong 5 cơ sở đào tạo trọng điểm chất lượng cao, đảm bảo cung cấp nguồn nhân lực có trình độ chuyên môn cao của Ngành Văn hóa, Thể thao và Du lịch.

Ngày 6 tháng 3 năm 2014, Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch đã ban hành quyết định Số: 542/QĐ-BVHTTDL quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Trường Đại học Thể dục thể thao Bắc Ninh, theo đó, hiện tại Nhà trường đã có một cơ cấu ổn định gồm: Ban giám hiệu, 7 phòng chức năng, 6 khoa, 20 bộ môn và 8 tổ chức trực thuộc (gồm 4 trung tâm, Viện Khoa học và Công nghệ TDTT, Trường Năng khiếu TDTT Olimpic, Tạp chí Khoa học Đào tạo và Huấn luyện thể thao và Trạm y tế). Việc kiện toàn cơ cấu tổ chức của Trường là bước đà quan trong giúp Nhà trường phát triển về mọi mặt.

Hoạt động đối ngoại của Nhà trường phát triển mạnh mẽ trong giai đoạn này. Với mục đích trở thành trường đại học trọng điểm quốc gia vào năm 2020 và hướng tới chuẩn hóa, hiện đại và hội nhập quốc tế, Trường Đại học TDTT Bắc Ninh đã có quan hệ hợp tác đào tạo, nghiên cứu khoa  học, chuyển giao công nghệ với nhiều trường đại học và các tổ chức thể thao quốc tế thuộc nhiều quốc gia như: Nga, Trung Quốc, Tây Ban Nha, Lào, Hungary, Ba Lan, Cuba, Thái Lan, Hàn Quốc, Australia, Pháp… và hiện đang tiếp tục mở rộng hoạt động hợp tác với nhiều trường đại học chất lượng cao trên khu vực và thế giới. Năm 2015, Trường Đại học Thể dục thể thao Bắc Ninh đã vinh dự nhận Huân chương Hữu nghị của nước Cộng hòa dân chủ nhân dân Lào.

Hoạt động nghiên cứu khoa học có những bước phát triển nổi bật trong giai đoạn này. Hòa chung không khí cuộc cách mạng 4.0, hoạt động Nghiên cứu khoa học tại Trường Đại học TDTT Bắc Ninh phát triển mạnh mẽ theo các hướng nghiên cứu khoa học, chuyển giao công nghệ và hợp tác nghiên cứu. Trong gia đoạn này, Nhà trường lần đầu tiên đã tiến hành tổ chức nghiên cứu và bảo vệ thành công đề tài Khoa học công nghệ cấp Nhà nước (năm 2014), đồng thời bảo vệ thành công nhiều đề tài Nghiên cứu khoa học cấp Bộ; phối hợp nghiên cứu và chuyển giao công nghệ nghiên cứu nhiều đề tài cấp tỉnh; triển khai và hoàn thành nhiều đề tài NCKH cấp cơ sở hàng năm. Trong giai đoạn này, Nhà trường đấu thầu thành công và triển khai 01 đề tài NCKH cấp Nhà nước, trong đó có 01 đề tài đã bảo vệ thành công. Triển khai nghiên cứu 10 đề tài NCKH cấp bộ, trong đó có 7 đề tài đã bảo vệ thành công và 03 đề tài đang triển khai (chưa tới hạn bảo vệ).

Cũng trong giai đoạn này, hệ thống cơ sở vật chất của Nhà trường không ngừng được tăng cường, tạo điều kiện tốt nhất cho hoạt động giảng dạy, học tập tại Trường. Nhà trường đã tăng cường hệ thống sân bãi (sân bóng đá cỏ nhân tạo, sân vận động có khán đài, làm lại mặt sân Điền kinh 2…), bổ sung Nhà hiệu bộ, sửa chữa Ký túc xá sinh viên (thành phòng ở khép kín), Xây dựng khu nhà Vận động viên (Nhà 7 tầng), xây dựng nhà thi đấu, sân tập Goll….

Lực lượng cán bộ, giáo viên nhà trường cũng không ngừng được nâng cao cả về số lượng và chất lượng. Hiện tại, Trường có gần 300 cán bộ, giảng viên, trong đó 3 nhà giáo ưu tú, 1 giáo sư, 9 phó giáo sư, 56 tiến sĩ và 150 thạc sĩ, 63 cử nhân và các cán bộ phục vụ.

Mục tiêu của Nhà trường hiện nay là: Xây dựng Trường Đại học Thể dục thể thao Bắc Ninh trở thành một trường đại học TDTT trọng điểm quốc gia, đẳng cấp quốc tế, đào tạo cán bộ TDTT trình độ cao, tài năng thể thao; là trung tâm nghiên cứu và chuyển giao khoa học công nghệ TDTT hàng đầu, đáp ứng yêu cầu ngày càng cao của sự nghiệp phát triển TDTT Việt Nam, phục vụ sự nghiệp công nghiệp hóa, hiện đại hóa đất nước và hội nhập quốc tế.